Quelle est la gravité de la menace des nouvelles variantes de Covid-19 ?


Depuis que la Chine a mis fin à sa politique «zéro-Covid» à la fin du mois dernier, ses hôpitaux ont été submergés de cas. Mais alors que les inquiétudes grandissent quant à la menace de nouvelles variantes, Pékin a été critiqué par les organismes de santé mondiaux pour son manque de transparence sur la prévalence du virus dans le pays.

Au moins 15 pays ont introduit des tests Covid obligatoires pour les voyageurs en provenance de Chine, principalement pour s’assurer qu’aucune variante dangereuse ne passe inaperçue. L’Agence britannique de sécurité sanitaire, par exemple, a demandé aux hôpitaux de séquencer tous les échantillons viraux de patients arrivés de Chine et hospitalisés avec Covid.

Mais la flambée des taux d’infection est-elle susceptible de conduire à de puissantes variantes en provenance de Chine ou d’autres pays où le nombre de cas est actuellement élevé, comme les États-Unis ? Les chances sont considérées comme faibles par de nombreux épidémiologistes, bien qu’ils restent préoccupés par le fait qu’un manque de transparence dans certains pays pourrait entraver la détection.

Que savons-nous des variantes en Chine ?

Gisaid, le référentiel mondial de génomes qui permet aux scientifiques de suivre le coronavirus pendant sa mutation, a déclaré mardi que les échantillons téléchargés dans sa base de données « ressemblent tous étroitement à des variantes connues circulant dans le monde observées dans différentes parties du monde entre juillet et décembre ».

Les données présentées à l’Organisation mondiale de la santé, dont une analyse a été publiée mercredi, sont parvenues à une conclusion similaire. « Aucune nouvelle variante ou mutation de signification connue n’est notée dans les données de séquence accessibles au public », a déclaré l’organisme de santé.

Peter Bogner, directeur général de Gisaid, a déclaré que c’était « une grave erreur » de se concentrer uniquement sur l’acquisition de données opportunes en provenance de Chine, car « de nouvelles variantes importantes peuvent apparaître n’importe où dans le monde ».

Diagramme de l'arbre généalogique de Covid montrant comment les variantes ont évolué à partir du coronavirus original de Wuhan

« Malheureusement, nous commençons à voir des lacunes de surveillance apparaître à travers le monde », a-t-il déclaré au Financial Times.

« [But] La Chine intensifie activement ses efforts pour mettre à disposition davantage de données sur les variantes en circulation, de sorte que notre objectif de surveillance en Asie devient de jour en jour plus précis. Il serait donc conseillé de faire confiance à la science plutôt qu’à la politique.

Pourquoi les passagers en provenance de Chine sont-ils confrontés à des restrictions ?

Les responsables de la santé occidentaux disent en privé que les contrôles des voyageurs ont principalement été introduits pour éviter que des variantes potentielles ne se propagent sans être détectées, mais que les mesures actuelles ne sont justifiées par aucune menace existante. Un haut responsable européen, qui a refusé d’être nommé, a déclaré qu’il s’agissait d’une décision « politique », citant « des gouvernements qui veulent être perçus comme protégeant leur propre peuple ».

La Chine a été critiquée plus tôt dans la pandémie pour sa réticence à publier les données de Covid, ce qui a peut-être rendu les responsables occidentaux méfiants vis-à-vis de l’approche de Pékin, selon des responsables familiers avec la pensée des capitales européennes. La politique stricte du zéro Covid de Pékin pendant la majeure partie des trois dernières années rend à son tour les restrictions sur les arrivées en provenance de Chine plus acceptables politiquement, ajoutent-ils.

Les taux de transmission « intenses » actuels ont rendu « compréhensible » que les pays prennent des mesures pour protéger leurs citoyens, a déclaré mercredi l’OMS. De plus, les 13 millions de cas signalés à l’OMS au cours du mois dernier ont été considérés comme une « sous-estimation », a déclaré l’organisme de santé basé à Genève.

Mike Ryan, chef du programme d’urgence de l’OMS, a déclaré que certains pays avaient opté pour la prudence comme protection contre de nouvelles variantes au milieu d’un manque relatif de données, ajoutant que « ce serait bien mieux si nous avions un séquençage beaucoup plus étendu ».

D’où viennent les nouvelles variantes ?

Les virus subissent inévitablement des mutations génétiques lorsqu’ils se reproduisent chez leurs hôtes. Quelques variantes prospèrent car elles se propagent plus facilement entre les personnes que les souches existantes, en surmontant leurs défenses immunitaires et en se liant plus efficacement aux cellules humaines.

Il existe des théories concurrentes sur l’origine exacte des nouvelles variantes, car il est impossible d’identifier le véritable patient zéro, le premier porteur du virus.

L’opinion la plus populaire parmi les virologues est que les variantes les plus importantes résultent d’une infection chronique chez une personne immunodéprimée qui ne peut pas éliminer le virus pendant plusieurs mois, ce qui laisse le temps à une série de mutations de se développer.

Un graphique de la part modélisée de la population protégée contre l'infection à Omicron qui montre la diminution de l'immunité de la Chine, qui est passée d'environ 30 % en janvier 2022 à bien moins de 10 % à la fin de cette année

Les variantes qui prospèrent dépendront des niveaux d’immunité d’une population, tels que déterminés par les taux d’infection ou de vaccination antérieures. Les souches d’Omicron, la variante dominante dans de nombreux pays depuis fin 2021, qui déferlent maintenant à travers la Chine ne sont peut-être pas les mieux adaptées pour se transmettre à travers des populations européennes ou américaines avec des profils immunitaires différents.

Quelles variantes se répandent au-delà de la Chine ?

Les descendants d’Omicron dominent la transmission dans le monde entier. Le virus Sars-Cov-2 original et les variantes précédentes d’Omicron, officiellement désignées par des lettres grecques, sont presque éteintes. La sous-variante Omega qui préoccupe le plus les virologues est XBB.1.5, qui semble provenir du nord-est des États-Unis en octobre et se propage rapidement à travers le pays.

Selon les Centers for Disease Control and Prevention, XBB.1.5 était responsable de 40% des cas aux États-Unis au cours de la dernière semaine de décembre. XBB.1.5 est en augmentation en Europe et a été identifié dans plus de 25 pays, a annoncé mercredi l’OMS.

Des patients dans un hôpital bondé à Shanghai, en Chine
Un hôpital bondé à Shanghai, en Chine, le 4 janvier © Staff/Reuters

XBB.1.5 est officieusement appelé Kraken d’après le monstre marin mythologique, l’un des nombreux surnoms que les scientifiques ont appliqués « pour aider les gens à garder une trace de la soupe variante en constante croissance », a déclaré Ryan Gregory, biologiste de l’évolution à l’Université canadienne de Guelph en Canada. « Il existe maintenant plus de 650 sous-variantes d’Omicron. »

Kraken est un descendant de XBB ou Gryphon – lui-même un hybride de deux descendants d’Omicron BA.2. Une mutation clé permet à XBB.1.5 de se transmettre rapidement entre les personnes en évitant les anticorps conférés par une infection ou une vaccination antérieure, tout en se liant plus étroitement aux cellules humaines.

« Bien qu’il reste encore beaucoup à apprendre sur cette variante, elle n’a pas l’apparence d’un » scariant «  », a déclaré Eric Topol, professeur de médecine moléculaire à Scripps Research en Californie, faisant référence au terme qu’il a inventé pour les souches qui semblent effrayantes. mais ne sont pas vraiment dangereux. « Celui-ci est la vraie affaire et nous parions sur notre mur immunitaire d’infections, de vaccinations, de rappels et de leurs combinaisons pour aider à résister à son impact », a-t-il ajouté.

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